Jeder UEFA-Mitgliedsverband (nachfolgend „Verband“) darf den Meister seiner höchsten nationalen Futsal-Liga sowie gegebenenfalls einen zweiten Verein anmelden. Jeder Verband muss den Namen des Vereins bzw. die Namen der Vereine bis zu der von der UEFA-Administration kommunizierten Frist mitteilen.
Der Titelhalter der UEFA Futsal Champions League ist automatisch für den Wettbewerb qualifiziert, selbst wenn er sich über seine Platzierung in der nationalen Liga nicht für diesen Wettbewerb qualifiziert hat. Der Verband des Titelhalters darf einen zweiten Verein zum Wettbewerb anmelden. Bei diesem muss es sich um den Meister seiner höchsten nationalen Futsal-Liga oder um den Zweitplatzierten handeln, sollte der Titelhalter der UEFA Futsal Champions League die nationale Meisterschaft gewonnen haben.
Die drei bestplatzierten Verbände, der Verband des Titelhalters ausgenommen, dürfen zudem den Vizemeister ihrer höchsten nationalen Futsal-Liga anmelden. Diese drei Verbände werden anhand der UEFA-Futsal-Nationalmannschafts-Koeffizientenrangliste zum Ende der FIFA-Futsal-Länderspielperiode im April im Jahr vor Beginn des Wettbewerbs ermittelt.